В том же мае в Москве, которая по рождению и воспитанию принадлежала юбиляру, а также всегда ревнивая к славе и чести своих сынов, праздновалось 50-летие научной, педагогической, практической и общественной деятельности Н.И. Пирогова. Его чествовали официальная наука, правительство, интеллигенция, студенчество, пресса, московская дума, которая избрала его своим почетным членом, и, наконец, император.
После празднования состоялся консилиум в составе Е.И. Богдановского, Э. Валя, В.Ф. Грубе, Э.И. Эйхвальда и Н.В. Склифосовского. Профессора предложили Николаю Ивановичу вырезать язву. Спокойно, с полным самообладанием выслушал он предложение. Ни одна мышца не дрогнула на его лице. Казалось, что восстал образ мудреца древности. Да, именно Сократ мог выслушать с такою же невозмутимостью суровый приговор о приближающейся смерти! «Прошу Вас, Николай Васильевич, и Вас, Валь, – сказал нам Н.И., – сделать мне операцию. Но не здесь. Мы только что кончили торжество, и вдруг затеем тризну! Вы можете приехать ко мне в деревню?» Разумеется, мы отвечали согласием. Операции, однако, не суждено было сбыться. Отчего, спросите вы? Теперь об этом еще нельзя ничего говорить; причина будет объявлена, когда наступит благоприятный исторический момент…» – писал Н.В. Склифосовский. И далее: «Быть может, многие из вас осудят мой образ действий. Я выслушаю осуждение как заслуженное, но должен сказать, что значительную долю вины я искупил теми муками, которые пережил».
А история данного клинического случая развернулась следующим образом. Предположив, что у него злокачественная опухоль, Николай Иванович впал в депрессию. Отказавшись от операции, предложенной вышеуказанным консилиумом, он уезжает к своему, как он считал, ученику Т. Бильроту в Вену в сопровождении жены Александры Антоновны и личного врача С. Шкляревского. В Вене Т. Бильрот осмотрел Пирогова, убедился в трагичности диагноза, однако понял, что операция невозможна из-за тяжелого физического и психологического состояния больного, поэтому он «отверг диагноз», поставленный российскими врачами. Такой дипломатический ход Бильрота «вокресил» Н.И. Пирогова: «Ну, если Вы мне это говорите, то я успокаиваюсь». Был назначен отвар льняного семени и полоскание полости рта раствором квасцов. Николай Иванович вернулся домой успокоенный. Несмотря на прогрессирование болезни, Пирогов продолжал писать свой «Дневник старого врача». До последних дней он работал над рукописью. 22 октября 1881 г. Николай Иванович писал: «Ой, скорей, скорей! Худо, худо! Так, пожалуй, не успею и половины петербургской жизни описать». Не успел...
Умер Н.И. Пирогов в 20 ч 25 мин 23 ноября 1881 г. в возрасте 71 года в своей усадьбе в селе Вишня Подольской губернии (ныне – Винницкая область) в Украине. Как никогда резко выделялся его гордый профиль. Уста, из которых в свое время текли такие пламенные, острые, металлические речи, сомкнулись как бы в осознании того, что сказано достаточно. Похоронное шествие было и скромно, и величественно. Тело Н.И. Пирогова забальзамировал врач Д.И. Выводцев из Медико-хирургической академии путем введения растворов тимола и салициловой кислоты в сонную и бедренную артерии без вскрытия черепной, брюшной и грудной полостей. Можно предположить, что решение о бальзамировании было принято самим Пироговым и отражало его религиозно-эстетические взгляды. Перед бальзамированием Д.И. Выводцев вырезал часть опухоли, занимавшей всю правую половину верхней челюсти и распространившейся на полость носа. Опухоль была исследована в Петербурге: у Н.И. Пирогова оказался характерный «роговой» рак. Тело Н.И. Пирогова поместили в мавзолей, построенный в том же селе Вишня.